为研究和认识绿洲农业区水循环及生态过程演变的科学规律，提供科技创新实验基地与平台；针对绿洲水资源安全、水资源可持续利用与生态环境建设重大需求，解决关键科学问题；依托站的长期定位观测与试验，通过应用基础的系统研究，创新和发展现代地理科学理论，在不断取得原创性成果的基础上，将阿克苏站建成极端干旱区重要的绿洲农田生态系统研究基地、试验示范基地和人才培养基地
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